『신에겐 12척의 배가 있나이다』는 난중일기에서 빠진 부분이 자세히 묘사되어 있다. 또 한 가지 특별한 것은, 작가가 직접 지어서 요소요소에 삽입한 36편의 한시(漢詩)이다. 

더불어 중고생, 대학생, 취준생, 일반인 등 역사를 사랑하고 관심 가지는 모든 계층의 독자들이 역사를 배우고 되돌아볼 수 있다. 대화, 기록, 전투장면과 교지, 통문, 공문, 서장, 통첩, 상소문이 역사적 사실을 충실히 따르고 있다.

이순신은 전쟁터에서는 무서울 정도로 차갑고 과감하지만, 하급관리와 병졸, 노비 같은 약자들에게는 어버이 같은 존재로 묘사되어 있다. 실제로도 이순신은 난중일기에, 관청 노비와 집안 노비 등의 모습과 행동을 정겹게 그려, 그들에 대한 애정과 따듯한 마음을 적극 표현하고 있다. 

소설에서 이순신은 그들에 대한 측은지심을 때와 장소를 가리지 않고 보여줌으로써, 소비자본주의에 몰입된 채 이기적으로 살아가는, 현대인인 우리에게 경종을 울려 주고 있다.